Rôzne metódy sterilizácie sa vyberajú na základe rôznych výkonov endoskopických nástrojov a ich komponentov, ako aj relevantných informácií poskytnutých výrobcom nástroja. ,
1. Vysokotlaková parná sterilizácia: Všetky endoskopické chirurgické nástroje, ktoré možno autoklávovať, by sa mali sterilizovať vysokotlakom.
2. Etylénoxid: Etylénoxid má silnú sterilizačnú silu, rozšírenú sterilizáciu, nepoškodzuje predmety a má silnú penetračnú silu. Nie je vhodné používať vysokotlakovú paru na sterilizáciu endoskopických šošoviek, kamier, lúčov svetelných zdrojov, elektrokoagulačných drôtov a pod. Touto metódou je možné sterilizovať všetky.
3. 2% namáčanie glutaraldehydom: používa sa na ponornú sterilizáciu endoskopických nástrojov. Musí sa namočiť na 10 hodín. Počas namáčania musia byť spoje nástroja otvorené a lúmen musí byť naplnený namáčacou kvapalinou. Zvyšný liečivý roztok sa musí pred použitím opakovane opláchnuť sterilnou vodou.
4. Sterilizácia lekárskym sterilizátorom.
